废水的处理方法通常是物化法生化处理，制药废水中含有大量的COD、SS、盐类等物质，这类废水大多采用生化法处理成PFS、抗生素废水进行处理，由于抗生素生产废水等难降解有机废水成分复杂、生物毒性大，生化法很难达标，因此在生化处理前，必须采用混凝剂如将PFS聚合硫酸铁加入预处理中，则采用物化方法进行。
    这类废水会对微生物产生强烈的抑制作用，影响和破坏生化系统，当然，这类废水的处理要比养殖废水和食品废水复杂得多，目前，絮凝沉淀水解酸化一般用于抗生素水处理SBR工艺等，可先经过调节池和SBR池，再进入中间池、一级生化池、一级沉淀池和二级生化池，根据实际需要，进入沉淀池后经过生化池，可以增加到三级沉淀池甚至更多。
聚合硫酸铁混凝难降解抗生素废水
    对于有毒难降解有机物，通常在沉淀池中加入PFS作为混凝剂进行处理，PFS进入抗生素废水，其带电离子在曝气等搅拌作用下与水中悬浮颗粒发生碰撞，破坏废水中有机物和其他物质的悬浮稳定性，使其相互凝聚，另外，PFS是在溶解后形成的，大量的Fe3会形成以铁离子为中心的凝胶，也会形成大量具有强吸附性的多核配合物，它还将水中的悬浮污染物吸附、网化，使抗生素废水中的难降解有机物和有毒物质聚集在一起，提高废水的可生化性。